Znalazłem rozwiązanie problemu. Pomocna okazała się treść wpisu:
https://stackoverflo...my-sql-database
w wpisie jest informacja:
"May need to update not only the table to utf8mb4, but ALSO the columns themselves, otherwise they can still appear as ?? instead of "
Trzeba jeszcze zmienić kodowanie na poszczególnej kolumnie w tabeli ps_meta_lang na utf8mb4_unicode_ci inaczej zapisywanie emotek nie zadziała poprawnie.
Plik dla presty 1.6.1.16 który trzeba zmodyfikować to (tak jak napisał Vekia) DbPDO.php