Udało rozwiązać mi się ten problem. Opisywanie jest bardzo dużo, w skrócie to trzeba przeszukać wszystkie pliki które odpowiedzialne są za wyszukiwanie po indexie i pododawać klasy i polecenia dla ean13, pamiętając o front endzie admina. Niestety nie jest tak proste jak w 1.6 i po każdej aktualizacji zmiany się usuwają, ale na to też jest sposób.
edit gdzie szukać wystarczy wpisać prestashop free module, a tpay i furgonetka to na ich stronach sami dają możliwość pobrania modułu do integracji w końcu to im na tym zależy bo na tym zarabiają.